Новые номера УЖЕ содержат флаг. Если вы получали номер ДО 1 января 2017, то не обязаны флаг рисовать. Если же регистрировали после этой даты, то флаг - часть номера, но по закону его можно заменить флагом на мачте (на практике все рисуют конечно же)
Читайте документ правильно. Номер флаг не содержит:
"8. Каждому зарегистрированному судну в Реестре присваивается идентификационный номер, который формируется из одиннадцати знаков, состоящих из буквенного кода, порядкового номера и буквенно-цифрового кода, определяющего принадлежность органа регистрации к субъекту Российской Федерации.
Структура идентификационного номера приведена в приложении N 2 к настоящим Правилам."
"Идентификационный номер, присваиваемый маломерному судну, состоит из одиннадцати знаков, в том числе из буквенного кода, порядкового номера и буквенно-цифрового кода, определяющего принадлежность органа регистрации к субъекту Российской Федерации, и имеет следующую структуру:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
где:
1 - 2 разряды - буквы русского языка, имеющие аналоги в латинском алфавите - "А", "В", "С", "Е", "Н", "К", "М", "О", "Р", "Т", "X" и "У". В пределах субъекта Российской Федерации разряды 1 и 2 распределяются по органам регистрации на основании решения начальника главного управления МЧС России по соответствующему субъекту Российской Федерации. Формирование осуществляется органами регистрации в алфавитном порядке;
3 - 6 разряды - порядковый номер от 0001 до 9999. Присваиваются в порядке возрастания. После достижения максимального значения сменяется на минимальное, при этом второй разряд изменяется в алфавитном порядке;
7 - 11 разряды - обозначение субъекта Российской Федерации, в котором осуществлена государственная регистрация маломерного судна. Разряды 7 - 9 являются неизменными и обозначаются "RUS", а разряды 10 - 11 обозначаются в зависимости от субъекта Российской Федерации в соответствии со следующей таблицей:"
Где Вы здесь видите флаг? И еще раз: Правила регистрации разрешают наносить изображение флага на корпус и то по согласованию с органом регистрации, но не требуют нести сам флаг.