Во всех и регистрируют. Другое дело, что регистрация возможна либо по месту жительства собственника, либо по месту базирования судна. Поэтому если будете регистрировать в Карелии,то это зависит от того, где будете базироваться.Едрён матрён. А в каком из этих подразделений регистрируют? Я задался вопросом регистрации в Карелии, таки мне в один голос сказали вам в Кемь нуна. Проясните.
Ну и ещё обратите внимание, если хотите регистрировать как "морское прогулочное", что "Отделение государственного и технического надзора за морскими прогулочными судами" на всю Карелию всего одно. И находится оно как раз в Кеми, по одному адресу с инспекторским участком, но является самостоятельным подразделением, со своими задачами и своим начальником. В этом случае вам, возможно, в организационном плане удобней всего будет регистрировать в Кеми.