с одной стороны, у яхт нет отсеков)))
с другой - выделенный отсек можно организовать и в центре кают-кампании.
ЗЫ шум по корпусу всеравно передается. мотору всеравно нужна вентиляция - а организовать забор воздуха прямо с палубы, а не из каюты не всегда удобно и вообще возможно. и не всегда (не при всяком ветре) там будет протягивать, а ставить принудительную - редкость, хотя может и решить.
с другой стороны, изолированный и зашитый мотор не проконтролировать на предмет неполадок - течей там, посторонних шумов. и рано или поздно слетает ремень генератора и прочего, это расходник и надо периодически менять - а если все изолировано то как быстро до него добраться? люк с кокпита, в ливень и когда волна заливает - не вариант, а люк в переборке из каюты - конструктивно не так просто реализовать.
в общем там много за и против всяких. и чес гря - не знаю как современные дизеля. но вот современные бензины в авто - если заглянуть под капот при работающем, то не громко они работают, и не воняют.
ЗЫЫ на револьвере (пластиковая мыльница 6,5м) - при работающем подвесном моторе, который поидее вообще вне корпуса, внутри корпуса стоит гул - весь корпус резонирует. И помниться то ли у Титаника то ли у Британика вскоре после спуска меняли винты - вибрации сильно ощущались во всей кормовой части лайнера. Так что не все шумы можно заглушить изолированием.