Центровка гребного вала не причём, так как вал не вращается .Весьма вероятно нарушена центровка гребного вала, что и послужило причиной износа подшипника гудрича. Снять винт, если шум не исчезнет, значит причина не в нём.
Скорее дело в небольшой изгибной жёсткости вала и в совпадение собственной частоты системы с частотой внешнего воздействия. Если внешнее воздействие связано с неоднородностью набегающего потока, то можно попробовать поворачивать вал и смотреть не меняется ли уровень вибраций. Хорошо бы узнать плоскость колебаний влево-вправо или вверх-вниз.