У меня такие ямы образовывались из-за кривых выкроек (вырезал неправильно) и/или съехавших деталей. Вот теперь понять бы, в случае со Шпротом, это косяки чертежей или особенности исполнения... Пока все идет к огрехам исполнения...
Выходит это не первая лодка? Проверяйте кромки деталей гибкой рейкой перед сборкой на отсутствие впадин и бугров. Фаски по кромкам с внутренней стороны весьма полезная вещь. Направление волокон на деталях поперёк длинной стороны облегчает сборку, косяков не замечал. Вы непременно хотите сделать лодку сами?