Под французский флаг лодку можно поставить только будучи гражданином ЕС. Никакой ПМЖ или ВНЖ не катит вообще.
Что-то вы путаете или не совсем правильно поняли, правда могу судить только по Испании, но сейчас законы ЕС довольно унифицированы по всем странам. Регистрировали не одну яхту и катер под испанский флаг с уплатой НДС и под туристический испанский флаг (без оплаты НДС) на 12 месяцев граждан РФ ,не-резидентов ЕС, но имеющих регистрацию в Испании (недвижимость)
Есть понятие резидент или нерезидент ЕС, т.е где вы платите налоги, любое ПМЖ предполагает что вы резидент этой страны, в испании это карточка иностранца-резидента (не гражданство и не гражданин ! а резидент ЕС).
При регистрации в стране резиденции никаких проблем нет, непонятно вообще что этот вопрос возник, видимо покупатель не является резидентом Франции и у него нет статуса резидента.
Когда вы покупате машину, квартиру, катер, вы что не можете их зарегистрировать ? А на чем вы тогда ездите во Франции ?
По НДС: НДС уплачивается один раз, об этом надо получить бумагу от продавца, обычно это затертый но оригинальный инвойс на покупку лодки. Перерегистрация между резидентами ЕС не является экспортом и поэтому ничего больше платить не надо.
Если лодка оформляется на нерезидента (офшор, резидент РФ, не ЕС компания), это считается экспорт, при этом допускается нахождение в ЕС 18 месяцев и т.д. Для продления этого периода надо выйти (оформить в таможне отход) из ЕС и посетить не ЕС порт (Helgoland, Gibraltar, Алжир, Гернсу, РФ, и т.д.). О посещении не ЕС порта надо иметь какое нибудь подтверждение (печать марины или таможни на судовой роли,оплаченный счет марины, счет на заправку) Время между выходом и обратным входом не регламентируется, т.е. вышел на неделю и вернулся (оформить в таможне приход !!)
Если лодка ввозится на машине, судне, то это считается как груз и временный ввоз на 6 месяцев.
Полиция или береговая охрана требует стандартные документы : документы на лодку (регистрация), страховка гражданской ответственности (сумма в разных странах разная, но по стране регистрации, документы владельца (если резидент то паспорт+карточка резидента, если не резидент то паспорт с визой), может спросить тот документ об уплате НДС, но если флаг ЕС, то как правило это не спрашивают.
Консульство РФ выдает бумага на временную регистрацию на 6 месяцев для перегона до порта РФ и далее понятно ..
Информация достоверная и проверенная на личной практике. Может во Франции конечно свои заморочки, не знаю. Если есть сомнения обратитесь к морсокому юристу, их полно на каждом углу сидит, в Испании это называется Gestoria Nautica, там вам за несколько сотен евро быстро все разъяснят и оформят, если плохо с языком возьмите переводчика.