Фланец лучше сделать такой толщины, чтобы в нем можно было утопить головки винтов, крепящих колодец.
Пропиток для дерева сейчас много, олифа, конечно, менее актуальный вариант.
По толщине тоже первоначально думал на 6мм, но потом смотрел фото из ветки, - создалось подозрение что материал у ребят был тоньше.. но по фото оценить конечно сложно.. думал по винтам, буду по всей видимости делать самодельные, - приварю гайки накрутив их на шпильки нужной длинны, а потом отдам токарю чтобы сделал из них конус, под нужный градус, с учетом толщины заготовки. И уже потом сделаю шлиц прямой, болгаркой. Плюсы вижу, в случае если сорву резьбу или она где-то поплывет, - можно будет легко заменить. (до этого шпильки с резьбой были приварены к конструкции..)
Как вариант пропитки - Penotex ?