По бензиновым моторам и маломерным катерам (Р.044 -2016) никаких проблем с РРР нет.
Хочется получить продукт именно для официального коммерческого использования с лицензией на пассажирские перевозки. По ценнику на снабжение судна под класс регистра я в курсе. Задача получить максимально надежное для долгой эксплуатации судно категории "0" или "1" для разряда "М", сократить расходы, ну и плюс разместить это, где-то все необходимо относительно свободно (пассажиров и снабжение).
По поводу стали видится корпус из 09Г2С. Алюминий крайний и не очень нежелательный вариант.
Вы немного все смешиваете в одну кучу.
Строится судно под надзором РРР или например построенное маломерное судно, зарегистрированное в ГИМСе, прошло классификацию и получило класс РРР - это, как говорится, две большие разницы.
Р.044 -2016 - это руководство по классификации и освидетельствованию МС, до этого было временное от 2013, теперь обновили.
А вот если судно строится под надзором РРР, то тут применяются порядок и нормы ПКПС (Правил классификации и постройки судов) на, что, кстати есть ссылка и в Р.044 -2016
Вот когда судно строится под надзором то порядок следующий:
1. Организация имеющая признание РРР на данный вид работ выполняет проект согласно требованиям РРР, тех регламенту минтранса (а не ТС), и пр. документам
2. Проект проходит согласование с РРР.
3. Организация имеющая признание РРР на данный вид работ, производит постройку судна из материалов освидетельствованных РРР и устанавливая на него исключительно оборудование имеющие свидетельство РРР. Это производится под надзором инспекции РРР начиная с закупки материалов. Все принимается инспектором РРР о чем ведутся записи в построечный журнал судна. Все делается в точном соответствии с проектом, если что-то надо изменить, то изменения проходят через РРР. После прохождения ходовых испытаний и сдачи судна РРР ему присваивается класс.
Список всего, что имеет свидетельство РРР (и всех кто имеет свидетельства) висит на сайте РРР. Там можно поискать и бензиновые двигатели (и для применения где именно они освидетельствованы) 
. Кроме того, очень интересно почитать, что написано в ПКПС про обустройство топливных систем если там будет бензин и обсудить это с проектантом на предмет осуществимости .
Кстати, 09Г2С - очень хорошая сталь, но у РРР свои погремушки и если судно строится под надзором, то будет сталь A или B и никаких Вам 09Г2С или ВСт3сп5.
